Daňová kontrola u e-shopu stojí a padá na dokladech a evidenci. Úřad porovnává přiznané příjmy a výdaje s realitou, takže nejdůležitější je umět doložit tržby, nákup zboží, stav skladu a návaznost mezi objednávkami, fakturami a platbami. Elektronická evidence tržeb je zrušená, ale povinnost evidovat a doložit příjmy platí dál. Kontrolu zahajuje úřad zpravidla výzvou, máte právo na součinnost, na vyjádření a na zastoupení daňovým poradcem. Nejčastější problém malých e-shopů není podvod, ale nepořádek: chybějící doklady k nákupu, sklad, který nesedí, a příjmy, které nejdou spárovat s platbami. Kdo má data v jednom systému, projde kontrolou výrazně klidněji.
Srovnávací tabulka
Nejdřív fakta na jednom místě. Data k červenci 2026.
| Oblast | Co úřad prověřuje | Co si připravit |
|---|---|---|
| Tržby | soulad přiznaných příjmů s realitou | objednávky, faktury, platby na účtu |
| Nákup zboží | reálnost uplatněných výdajů | faktury od dodavatelů a jejich úhrady |
| Sklad | návaznost nákupu a prodeje zboží | průběžná evidence zásob, inventura |
| Hotovost | evidence hotovostních tržeb | pečlivá evidence, i bez EET |
| DPH (plátci) | nároky a odvody DPH | doklady, kontrolní hlášení, evidence |
Obecný přehled podle daňového řádu, nejde o právní ani daňové poradenství. EET je zrušená, povinnost evidovat a doložit příjmy trvá. Konkrétní situaci řešte s daňovým poradcem.
Obálka, ze které tuhne krev, ale nemusí
Přijde obálka nebo zpráva do datové schránky a v ní oznámení o zahájení daňové kontroly. Málokterý e-shopař u toho zůstane klidný. Pravda je ale taková, že kontrola sama o sobě není trest ani obvinění. Je to porovnání toho, co jste přiznali, s tím, co se dá doložit. A když máte pořádek, je to spíš otrava než katastrofa.
Většina problémů u malých e-shopů nevzniká z toho, že by někdo kradl. Vzniká z nepořádku. Chybí doklad k nákupu zboží, sklad papírově nesedí s realitou, platby na účtu nejdou spárovat s objednávkami. Pojďme si projít, jak kontrola probíhá, co si připravit dopředu a jaká máte práva, ať víte, do čeho jdete.
Jak kontrola probíhá
Daňovou kontrolu upravuje daňový řád a začíná zpravidla tím, že vás úřad vyzve a vymezí, co a za jaké období bude prověřovat. Nejčastěji jde o daň z příjmů nebo DPH za konkrétní roky. Kontrola může být komplexní, nebo cílená jen na určitou věc, třeba na neobvykle vysoké výdaje nebo na nesoulad mezi obratem a přiznáním.
V praxi úřad požaduje předložení dokladů a evidencí a klade otázky k tomu, co v nich nesedí. Nejde o překvapivou razii, ale o proces, kde máte prostor doložit a vysvětlit. Kontrola končí zprávou o kontrole. Buď je vše v pořádku, nebo úřad doměří daň a případně penále a úrok z prodlení. Proti doměření se lze bránit odvoláním.
Co má e-shop mít v pořádku
Srdcem každé kontroly u obchodu jsou doklady a jejich návaznost. Úřad chce vidět, že přiznané tržby odpovídají realitě a že výdaje, které jste si uplatnili, se opravdu staly. Prakticky to znamená umět propojit řetězec: objednávka, vystavená faktura nebo doklad, přijatá platba a u nákupu zboží faktura od dodavatele a jeho zaplacení.
K tomu patří evidence skladu. Když si uplatníte nákup zboží jako výdaj, úřad se logicky ptá, kde to zboží je nebo komu bylo prodáno. Sklad, který nesedí, je červený hadr. Proto se vyplatí mít stav zásob průběžně navázaný na objednávky a nákupy, ne dopočítávat inventuru zpětně z paměti. Doklady k nákupu se navíc kvůli sledovatelnosti a dalším povinnostem uchovávají roky, takže je pořádek potřeba dlouhodobě.
EET je zrušená, evidence tržeb ale zůstává
Elektronická evidence tržeb, tedy EET, je zrušená a od roku 2023 se neúčtuje. Někteří obchodníci si z toho odnesli mylný pocit, že se tržby evidovat nemusí. To je nedorozumění. Zrušila se konkrétní online evidence vůči Finanční správě, ne povinnost vést a doložit své příjmy pro účely daně.
U e-shopu je to naštěstí přirozené, protože prodej běží přes systém a platby přes bránu nebo na účet, takže stopa vzniká sama. Přesto platí, že příjmy musí být evidované a dohledatelné. Kdo bere i hotovost, třeba na osobním odběru, měl by ji evidovat obzvlášť pečlivě, protože právě hotovostní tržby úřad sleduje nejvíc. Absence EET není absence povinnosti mít v tržbách pořádek.
Jaká máte práva a povinnosti
Kontrola není jednosměrná. Máte povinnost součinnosti, tedy předložit doklady a umožnit prověření, ale máte i práva. Můžete se nechat zastoupit daňovým poradcem nebo advokátem, máte právo klást otázky, vyjádřit se ke zjištěním a navrhovat důkazy ve svůj prospěch. Úřad musí postupovat v mezích zákona a kontrolu řádně vymezit.
Moje rada z praxe je jednoduchá. Nekomunikujte s úřadem od boku a pod tlakem. Když si nejste jistí, přiberte účetního nebo daňového poradce hned na začátku, ne až když padne doměrek. Slušná, věcná a doložená komunikace kontrolu zkracuje. Naopak vytáčky a chybějící doklady ji prodlužují a zhoršují výsledek. Kdo má pořádek, nemá důvod se bát.
Jak se připravit dřív, než kontrola přijde
Nejlepší příprava na kontrolu je každodenní pořádek, ne noční směna, až přijde výzva. Průběžně párované platby, doklady k nákupům uložené hned, sklad, který odpovídá realitě, a příjmy dohledatelné podle objednávek. Když tohle běží samo, kontrola je jen o vytištění nebo exportu toho, co už máte.
Tady konkrétně pomáhá mít e-shop, sklad a doklady v jednom systému. V Behiu vzniká z každé objednávky tržba a ze skladu hodnota prodaného a naskladněného zboží, takže návaznost mezi prodejem, skladem a doklady drží průběžně. Fakturaci máte nativně a data umíte exportovat pro účetního nebo do Pohody. Behio není účetní ani právník a kontrolu za vás neodbaví, ale díky pořádku v datech se z ní stává administrativa, ne drama.
Verdikt
Daňová kontrola vypadá hrozivě jen do chvíle, než pochopíte, že je to porovnání přiznaných čísel s doklady. Kdo má pořádek v tržbách, dokladech k nákupu a skladu, kterému sedí zásoby, projde jí jako administrativou. Kdo pořádek nemá, tomu ji nezachrání ani nejlepší výmluva. EET sice skončila, ale evidovat a doložit příjmy musíte dál, u hotovosti obzvlášť pečlivě. Nejlepší obranou je nudný každodenní pořádek a jasná návaznost prodeje, skladu a dokladů. A jakmile kontrola přijde, přiberte hned účetního nebo daňového poradce, ne až po doměrku.
Časté dotazy
Zpravidla výzvou nebo oznámením, ve kterém úřad vymezí, jakou daň a za jaké období bude prověřovat, nejčastěji daň z příjmů nebo DPH. Není to překvapivá razie, ale proces podle daňového řádu, kde máte prostor předložit doklady a vysvětlit nesrovnalosti. Končí zprávou o kontrole.
Ano. Elektronická evidence tržeb skončila, ale povinnost vést a doložit příjmy pro účely daně platí dál. U e-shopu vzniká stopa přirozeně přes systém a platby, u hotovosti z osobních odběrů je potřeba evidovat obzvlášť pečlivě, protože právě tu úřad sleduje nejvíc.
Nepořádek, ne podvod. Chybějící doklady k nákupu zboží, sklad, který papírově nesedí s realitou, a příjmy, které nejdou spárovat s platbami. Když úřad neumí propojit objednávku, doklad a platbu, začne se ptát. Průběžná návaznost prodeje, skladu a dokladů tyhle problémy odstraní.
Máte povinnost součinnosti, ale i práva: nechat se zastoupit daňovým poradcem nebo advokátem, klást otázky, vyjádřit se ke zjištěním a navrhovat důkazy ve svůj prospěch. Proti doměření daně se lze bránit odvoláním. Doporučuji přibrat poradce hned na začátku, ne až po výsledku.
Daňové doklady se uchovávají roky, u DPH i déle, a kvůli sledovatelnosti zboží podle dalších předpisů může jít o období ještě delší. Konkrétní lhůty se liší podle typu dokladu a daně, proto je nejjednodušší nic neskartovat unáhleně a přesné lhůty ověřit s účetním.
Ne. Systém udrží pořádek v datech a návaznost prodeje, skladu a dokladů, což kontrolu výrazně usnadní, ale samotné jednání s úřadem a posouzení daňových otázek patří účetnímu nebo daňovému poradci. Tenhle text je orientační přehled, ne právní stanovisko.
Postavte si e-shop, který vás nepřekvapí na faktuře.
Sklad, fakturace, B2B, feedy i AI parťák nativně v jedné ceně od 300 Kč měsíčně. Vyzkoušejte Behio zdarma na 14 dní, bez karty.
